Eine OSS-Alternative zu Origin: qtiplot

[Rain_Maker]

Hallo,

In diesem kleinen Artikel möchte ich das Programm qtiplot vorstellen, welches mit Fug und Recht als erstklassiger Klon des bekannten Programms "Origin" bezeichnet werden kann.

1. Was ist qtiplot?

Mit qtiplot kann man auf sehr einfach Art und Weise aus Wertetabellen oder mathematischen Funktionen Diagramme generieren und diese dann manipulieren bzw. analysieren.

QtiPlot is a program for scientific data visualizing. It can produce two- and
three-dimensional graphics and diagrams and export them to various graphics
formats. It also can make some kind of data processing.

2. Wie bekomme ich qtiplot?

Qtiplot ist freie Software und steht unter der GPL. Es ist auf

http://soft.proindependent.com/qtiplot.html

erhältlich und läuft auf Linux, Mac OS X und Windows.

Fertige Binärpakete inklusive einem Jahr kostenloser Updates können gegen eine Spende von mindestens 10 € erhalten werden.

3. "Moment das ist doch "freie" Software, wieso soll ich spenden?"

FREIE Software ist nicht automatisch auch Freeware. Free bedeutet in diesem Falle, daß der Quellcode IMMER frei zugänglich ist, also nicht "free as in free Beer" sondern "free as in free Speech".

Wer das Programm selbst aus dem Quellcode kompilieren möchte, der kann dies IMMER ohne Zahlung eines Unkostenbeitrages tun.

Gute Software darf auch gerne etwas Geld kosten und man sollte ernsthaft über eine Spende an den Autor nachdenken, wenn einem das Programm gefällt und meiner Meinung nach ist das Programm jeden Cent wert.

Nur zur Erinnerung, eine Lizenz für Origin kostet mehrere hundert Euro !

4. Notwendige Bibliotheken zum kompilieren.

http://soft.proindependent.com/install.html

Zur Übersetzung des Programms aus dem Quellcode werden folgende Libraries benötigt.

If you want to build QtiPlot from sources, don't forget first to download and install the Qt and GSL libraries. You must use the modified version of Qwt 4.2.0 which comes with the QtiPlot archive ("3rdparty" folder). The last version of the muParser (1.24) library is included in QtiPlot ("3rdparty/muParser" folder), as well as the QwtPlot3D and liborigin libraries, so you don't need to download and install them. In order to build QtiPlot you also need qmake, that is official part of Qt 3.x.

Ausserdem sollte man sich die Hinweise auf der HP zum Anpassen der Includepaths ansehen.

Zur Laufzeit müssen natürlich eine qt-Libraries vorhanden sein (hat man KDE installiert, dann ist eh alles vorhanden ) Außerdem wird noch folgendes benötigt:

QtiPlot uses the following libraries: Qt, Qwt (4.2.0), QwtPlot3D, GSL, muParser and liborigin.

Die Librarie "liborigin" ist optional, die anderen Libraries sind für SuSE und Ubuntu/Debian entweder auf der Installations-CD/DVD vorhanden oder können via APT/Yast installiert werden. Findet man eines der Pakete nicht auf Anhieb, dann sollte man bei:

rpmseek.de

oder

rpm.pbone.net

vorbeischauen und dort nach geeigneten Paketen suchen.


5. Alternative Quellen für Binärpakete

SuSE: Fertig kompilierte Binärpakete sind bei PackMan erhältlich:

http://packman.links2linux.de/?action=621

Inwiefern dieses Paket auf anderen rpm-basierten Distributionen läuft, kann ich nicht sagen, ein "rpmbuild --rebuild" aus dem Source-RPM von Packman sollte jedoch gehen; einfach mal ausprobieren und hier die Ergebnisse posten.

Ubuntu(/Debian?):
Ein kleiner "Hack" von mir. Das fertige SuSE-Paket von PackMan konnte ich mit "alien" in ein .deb-Paket umwandeln und es läuft bei mir unter (K)Ubuntu fehlerfrei.

alien --to-deb paketname.rpm

6. Beschreibung des Programmes / HowTo

Wird hier in nächster Zeit nach und nach entstehen

 

[Raven24]

AW: Eine OSS-Alternative zu Origin: qtiplot

Ist das dann nicht sowas wie Excel für Linux?
(bzw. Openoffice Tabellenkalkulation) Oder kann das mehr in Form von noch mathematischeren Formeln die man sich als normaler Mensch nie zu Gemüte führen würde.

 

[Rain_Maker]

AW: Eine OSS-Alternative zu Origin: qtiplot

Ist das dann nicht sowas wie Excel für Linux?
(bzw. Openoffice Tabellenkalkulation) Oder kann das mehr in Form von noch mathematischeren Formeln die man sich als normaler Mensch nie zu Gemüte führen würde.

Nein, ganz so ist es nicht.

Die Stärken von qtiplot (oder natürlich auch von Origin) liegen NICHT in der Tabellenkalkulation sondern in der Möglichkeit sehr einfach Meßdaten zu visualisieren und auch vielfältig zu analysieren.

Hier mal ein kleines Beispiel aus meiner Praxis:

[ATTACHMENT NOT FOUND]


Ich habe die Meßdaten von einem Meßgerät als ASCII auf Diskette gespeichert (Ja, Du hast richtig gelesen.. auf DISKETTE, das Gerät ist zwar schon einige Jahre alt, aber bei einem Preis von über umgerechnet 10 000 Euro schafft man sich sowas nicht alle paar Jahre neu an, solange die "alte Gurke" noch läuft).

Anschließend hab ich die Daten in qtiplot mit der Funktion "ASCII-importieren" importiert. Daraus entstand die Tabelle links. Dann aus den Daten den Graphen in der Mitte generiert und anschließend durch einfaches Anklicken des Graphen (Rechtsklick --> Analyse --> Differenzieren) die 1. Ableitung erzeugt, um die Maxima der Kurve genauer bestimmen zu können.

Das ist nur ein winziger Ausschnitt, was man mit solcher Software machen kann. Excel oder OOo-calc sind Tabellenkalkulationsprogramme und haben dort ihre Vorteile.
Das Darstellen von Daten als Graph ist meist deutlich umständlicher und umfassende Analysefunktionen fehlen meist oder sind grauslig implementiert.

Hoffe, das gibt Dir einen kleinen Eindruck.

Greetz,

RM

 

[Raven24]

AW: Eine OSS-Alternative zu Origin: qtiplot

Ok hab verstanden...

 

[Arokh]

AW: Eine OSS-Alternative zu Origin: qtiplot

so, nachdem qtiplot nun einwandfrei läuft (besten dank noch mal für den tipp) eine kurze frage zu nichtlinearem fitting.

origin bietet ja einen haufen mitgelieferter fit-funktionen, die in qtiplot nicht (oder noch nicht) vorhanden sind.

kann man die allesamt irgendwie aus origin exportieren und in qtiplot importieren?

 

[Rain_Maker]

AW: Eine OSS-Alternative zu Origin: qtiplot

so, nachdem qtiplot nun einwandfrei läuft (besten dank noch mal für den tipp) eine kurze frage zu nichtlinearem fitting.

origin bietet ja einen haufen mitgelieferter fit-funktionen, die in qtiplot nicht (oder noch nicht) vorhanden sind.

kann man die allesamt irgendwie aus origin exportieren und in qtiplot importieren?

Puh, das ist eine verdammt gute Frage. Zunächst einmal bietet qtiplot ja selbst einige Fit-Funktionen.

geh mal auf einen Graphen und dann Rechtsklick "Nicht linearer Fit" oder auch Strg-Y

Dann kommt sowas hier:

[ATTACHMENT NOT FOUND]

Unter benutzerefiniert kann man logischerweise eigene Fit-Funktionen von Hand eingeben, die mitgelieferten enthalten auch schon einiges an Funktionen (ich habe z.B. Polynome bis 9. Grad gesehen), einfach mal durchklicken und was es mit der Funktion "Plugins" auf sich hat, weiß ich ehrlich gesagt noch nicht, aber vielleicht findet sich da die Möglichkeit andere Funktionen zu importieren.

Die Frage stellt sich natürlich, ob man die Fit-Funktionen von Origin irgendwie passend für qtiplot exportieren kann, aber FALLS es überhaupt gehen sollte, dann ist diese "Plugins"-Funkion für mich "Verdächtiger Nr.1"

Greetz,

RM

 

[Arokh]

AW: Eine OSS-Alternative zu Origin: qtiplot

für die Debian-Benutzer:

das compilieren gestaltete sich zu Beginn etwas schwierig, da er wiederholt nach irgendwelchen qt3-Headern und ähnlichem gefragt hat. Wer die wie ich noch nicht installiert hat kann unter http://pdo.debian.net bzw.http://packages.debian.net in den debian-quellen nach Dateinamen suchen. Einfach das entsprechende Paket nachinstallieren und das make-Kommando so oft wiederholen, bis er fehlerfrei abschließt.

andere qtiplot-user haben es wohl auch hingekriegt, indem sie an dem Makefile rumgeschraubt haben.


noch zur Installationsanweisung:

For all the other Linux distributions:
1) download the .tar.bz2 or the .zip archive and decompress it
2) open a terminal (console) window
3) go to the main folder of the decompressed archive
4) type "qmake"
5) type "make"
6) type "strip qtiplot"
7) login as root and type "make install"
8) type "qtiplot&" to launch the application

auf meinem system war der Punkt 6) nicht nötig. das make-Kommando erledigte das gleich selbst.

viel spaß noch mit "origin" für linux

 

[Rain_Maker]

Lustige Kompilierversuche von qtiplot 0.8 unter SuSE 10.0

Besten Dank für Deinen Beitrag für Debianer.

Gestern schaue ich auf die HP des qtiplot-Entwicklers und siehe da, der Kerl ist echt verdammt aktiv, schon wieder eine neue Version. Aus diesem Anlaß habe ich dann Kompilierversuche mit SuSE 10.0 unternommen. Dabei sind sehr seltsame Dinge passiert.

Auf meinem Laptop brach der Kompiliervorgang ab, weil der Linker motzt, er würde -lGL nicht finden.

Natürlich sind die GL-Bibliotheken installiert sonst wäre ich hier wohl mit lynx unterwegs .
Auch die dazugehörigen devel-Pakete sind auf dem System vorhanden, die Verwunderung wuchs.

Nächster Gedanke, vielleicht an der config was verbaselt, aber da kann ich ja mal testen, wie das mit dem src.rpm von Packman für die letzte Version aussieht. Src.rpm von Packman gezogen ab in die Shell:

rpmbuild --rebuild qtiplot-0.7.9-1.pm.1.src.rpm

*Ratter Ratter Ratter* und ....

Auch der Versuch, das src.rpm von Packman neu zu bauen brach an exakt der selben Stelle ab.

Das Ganze auf meiner Desktopmaschine gemacht, beides lief anstandslos durch !?!?.

Nach einer Weile Rumgesuche und Gegrübel habe ich -möglicherweise- eine Erklärung für das "Mysterium".

Auf meinem Lappi ist der ATI-CS-Treiber installiert, meine Desktopmaschine hat eine ältere Grafikkarte (auch von ATI), welche nativ unterstützt wird. Der Treiber von ATI installiert wirklich seine eigenen libGL-Pakete und zwar in /usr/lib/fglrx/ und setzt links auf /usr/lib/ wie es sich auch gehört.

Trotzdem scheint da etwas schief zu gehen und die Kompilation geht in die Binsen. Ich befürchte allerdings, daß dieses Problem dann wohl auch bei anderen Kompilierversuchen auftauchen wird.

Irgendjemand ähnliche Erfahrungen damit?

Greetz,

RM

 

[Arokh]

AW: Eine OSS-Alternative zu Origin: qtiplot

Also auf meinem Debian läuft der ATI-Treiber in Version 8.22.5 als Modul eines 2.6.15.4 Kernels und er bringt keinerlei GL-Fehlermeldungen.

da es ja auf deinem Ubuntu auch läuft ist es vielleicht was SuSE spezifisches?

 

[Rain_Maker]

Kompilierproblem gelöst *OMG*

Manchmal sieht man vor lauter Bäumen den Wald nicht.

Mich heute am Kompilieren der 0.8.1 versucht (Ja, der Entwickler ist SEHR fleissig )
Selbes Theater.

lib/ -L/usr/lib/ -L/usr/X11R6/lib/ -L../3rdparty/qwt/lib -lqwt -L../3rdparty/qwtplot3d/lib -lqwtplot3d -L /usr/lib -lgsl -lgslcblas -lqt-mt -lGLU -lGL -lXmu -lXext -lX11 -lm -lpthread
/usr/lib/gcc/i586-suse-linux/4.0.2/../../../../i586-suse-linux/bin/ld: cannot find -lGL
collect2: ld returned 1 exit status
make[1]: *** [qtiplot] Fehler 1
make[1]: Leaving directory `/home/test/qtiplot-0.8.1/qtiplot'
make: *** [sub-qtiplot] Fehler 2

Nochmal GENAU in /usr/lib geschaut:

/usr/lib> ls -ls libGL*
 88 -rwxr-xr-x  1 root root  87048 2005-09-13 03:39 libclanGL.so.0.6.3
  0 lrwxrwxrwx  1 root root     18 2005-11-14 16:58 libclanGL.so.2 -> libclanGL.                      so.0.6.3
  4 -rwxr-xr-x  1 root root   2956 2005-09-13 01:26 libGLcore.so.1
  0 lrwxrwxrwx  1 root root     12 2005-10-22 01:46 libGL.so.1 -> libGL.so.1.2
412 -rwxr-xr-x  1 root root 418952 2005-09-13 01:26 libGL.so.1.2
669 -rw-r--r--  1 root root 682194 2005-09-13 01:23 libGLU.a
  0 lrwxrwxrwx  1 root root     13 2005-10-18 13:12 libGLU.so -> libGLU.so.1.3
  0 lrwxrwxrwx  1 root root     13 2005-10-18 11:20 libGLU.so.1 -> libGLU.so.1.3
513 -rwxr-xr-x  1 root root 523632 2005-09-13 01:26 libGLU.so.1.3
  0 lrwxrwxrwx  1 root root      8 2005-10-18 13:12 libMesaGL.so -> libGL.so
  0 lrwxrwxrwx  1 root root      8 2005-10-18 13:12 libMesaGLU.a -> libGLU.a
  0 lrwxrwxrwx  1 root root      9 2005-10-18 13:12 libMesaGLU.so -> libGLU.so
  0 lrwxrwxrwx  1 root root     11 2005-10-18 11:20 libMesaGLU.so.3 -> libGLU.so                      .1

Moment mal? libGL.so.1 gibts da, libGL.so.1.2 .. aber wo ist der Link "libGL.so" selbst?

Verdammte Axt, der wurde wohl vom ATI-Treiber deinstalliert oder was?

ln -s libGL.so.1.2 libGL.so

ls -ls libGL*
  4 -rwxr-xr-x  1 root root   2956 2005-09-13 01:26 libGLcore.so.1
  0 lrwxrwxrwx  1 root root     12 2006-03-17 16:29 libGL.so -> libGL.so.1.2
  0 lrwxrwxrwx  1 root root     12 2005-10-22 01:46 libGL.so.1 -> libGL.so.1.2
412 -rwxr-xr-x  1 root root 418952 2005-09-13 01:26 libGL.so.1.2
669 -rw-r--r--  1 root root 682194 2005-09-13 01:23 libGLU.a
  0 lrwxrwxrwx  1 root root     13 2005-10-18 13:12 libGLU.so -> libGLU.so.1.3
  0 lrwxrwxrwx  1 root root     13 2005-10-18 11:20 libGLU.so.1 -> libGLU.so.1.3
513 -rwxr-xr-x  1 root root 523632 2005-09-13 01:26 libGLU.so.1.3

So nun ist er da, nochmal make aufgerufen, der Compiler macht ja da weiter, wo er zuvor aufgehört hatte.

Sage und schreibe 2 (in WORTEN ZWEI !!) Sekunden später.....

lib/ -L/usr/lib/ -L/usr/X11R6/lib/ -L../3rdparty/qwt/lib -lqwt -L../3rdparty/qwtplot3d/lib -lqwtplot3d -L /usr/lib -lgsl -lgslcblas -lqt-mt -lGLU -lGL -lXmu -lXext -lX11 -lm -lpthread
/usr/lib/gcc/i586-suse-linux/4.0.2/../../../../i586-suse-linux/bin/ld: warning: libstdc++.so.5, needed by /usr/lib/qt3/lib//libqwt.so, may conflict with libstdc++.so.6
make[1]: Leaving directory `/home/test/qtiplot-0.8.1/qtiplot'

Durchgelaufen ..

ARGH ! und natürlich lief das Binary auch 1A.

Greetz,

RM

 

[Arokh]

AW: Eine OSS-Alternative zu Origin: qtiplot

Tach,

hat vielleicht mal einer versucht die aktuelle Version 0.8.9 zu kompilieren?

auf meiner Debian-Maschine geht da nicht viel, denn ihm fehlen insbesondere die Dateien liborigin.a und libqwtplot3d.a

nach einigem Suchen hab ich dann herausgefunden, dass wohl die liborigin.a nur ein Ar-Archiv von OPJfile.o ist, aber was libqwtplot3d.a sein soll... jedenfalls ist auch auf der SF-Seite von qwtplot3d nichts zu dem Thema zu finden.

sehr seltsam das alles.

 

[Rain_Maker]

AW: Eine OSS-Alternative zu Origin: qtiplot

Hi Arokh,

Same Problems here.

Die bauen wohl gerade auf QT4 um, wobei openSUSE 10.2 da eigentlich alles mitbringen sollte, um das zu können.

Ich habe nach 3h des Ausprobierens, wo nun die Includes genau gesetzt werden müssen, aufgegeben, weil mir nix mehr einfiel.

Auch ein Blick in die Optionen, die im SPEC-File für das Packman-RPM stehen, konnte ich nichts herausbekommen, wie man das so hinbekommen kann.

Wenn ich ne Lösung finden sollte, dann werde ich das hier posten.

BTW:

Die Version 0.9.0 soll dann wohl QT4 only sein.

Greetz,

RM

 

[Arokh]

AW: Eine OSS-Alternative zu Origin: qtiplot

Ich habe nach 3h des Ausprobierens, wo nun die Includes genau gesetzt werden müssen, aufgegeben, weil mir nix mehr einfiel.

Hehe, so ging es mir auch...

Ich finde der Kerl könnte etwas mehr Arbeit in Doku stecken, bzw. einfach die benötigten quellen (zumindest was QWT, QWTPlot3D und liborigin angeht) selbst mitliefern, steht doch alles unter GPL...

btw: kennst du eine brauchbare Software um NMRs unter Linux auszuwerten? mit brauchbar meine ich eine Software vergleichbar zu z.B. MestRe-C unter dem beliebten Graphikadventure aus Redmond, Washington.*

*Edit (RM) Ich hab das mal regelkonform etwas "verändert".

 

[Rain_Maker]

AW: Eine OSS-Alternative zu Origin: qtiplot

Die Doku ist wirklich etwas spärlich, ich habe viele der Infos aus dem öffentlichen (Entwickler)forum für qtiplot (über die HP verlinkt).

Ich hatte mal eine Java-Anwendung für NMR getestet, aber die war ziemlich komplex (oder anders gesagt, ich kam damit nicht klar *g*) und das BRUKER-Format wollte es auch nicht so recht importieren. Ich finde nur dummerweise den Namen auch nicht mehr und die beiden Seiten, wo ich sonst immer nach Chemiesoftware gesucht habe sind scheinbar down.

Nachtrag:

Die Links sind nur "umgezogen", mein Google-FU hat mir dann zumindest diese Seite wieder gebracht.

Linux4Chemistry - Linux software for chemistry: molecular modeling, visualization, graphic, quantum mechanic, dynamic, kinetic, simulation

Und das hier müsste die Java-Anwendung sein:

One Moon Scientific, Inc.

NMRviewJ, jepp das war sie IIRC.

Es ist ein Jammer, daß es da so wenig gibt, denn sucht man nach Software zur Simulation (MM+, Ab initio usw. usf.) findet man verdammt viel Zeug, aber ein einfaches Programm zur Spektrenbearbeitung ist mir bisher auch noch nicht untergekommen.

Allerdings läuft WinNuts fast perfekt unter Wine, das muß man ja auch nur entpacken und es bringt alle Libs selbst mit.

Das hier klingt interessant, allerdings muß man sich da registrieren.

NMRPipe Home Page

Greetz,

RM

 

[hap]

AW: Eine OSS-Alternative zu Origin: qtiplot Installation Debian

so habe ich die Installation von qtiplot 0.8.9 unter Debian gemacht:

(einzig die Python-Unterstützung läuft nicht, soll aber noch instabil sein, also habe ich mir die Arbeit nicht gemacht)

Qwt 5.0.0 Installation:
Sourcode runterladen
SVG item in qwtconfig.pri aktiviert
qmake
make
make install
qwtplot3d Installation:
Sourcode runterladen
DESTDIR auf /usr/local/qwtplot3d/lib gesetzt
qmake
make
cp include nach /usr/local/qwtplot3d


GSL Installation:
Pakete libgsl0 und libgsl0-dev installiert


MuParser Installation:
Sourcode runterladen
./configure --enable-shared=yes
make
make install



Zblib schon installiert als Paket (zlibg,zlibg-dev)


Liborigin Installation:
Sourcode runterladen
make -f Makefile.LINUX
mv liborigin.so.0.0.1 /usr/local/lib
mv opj2dat /usr/local/lib
ldconfig
mv /home/peter/Desktop/liborigin-20070115/OPJFile.h /usr/local/include
ln -s /usr/local/lib/liborigin.so.0.0.1 /usr/local/lib/liborigin.so



Qt Assistent:
Pakete qt3-apps-dev,python-qt-dev

qtiplot Installation:
Sourcode runterladen
qtiplot.pro im Verzeitchnis qtiplot ändern:

#############################################################################
##################### QAssistant ############################################
#!!! Warning: You must modify these paths according to your computer settings
#############################################################################

unix:LIBS += /usr/lib/libqassistantclient.a

#############################################################################
##################### 3rd PARTY HEADER FILES SECTION ########################
#!!! Warning: You must modify these paths according to your computer settings
#############################################################################

INCLUDEPATH += /usr/local/qwt/include
INCLUDEPATH += /usr/local/qwtplot3d/include
INCLUDEPATH += /usr/local/lib
unix:INCLUDEPATH += /usr/include/gsl
win32:INCLUDEPATH += ../3rdparty/WinGSL
INCLUDEPATH += /usr/include

#############################################################################
##################### 3rd PARTY LIBRARIES SECTION ###########################
#!!! Warning: You must modify these paths according to your computer settings
#############################################################################

##################### Linux (Mac OS X) ######################################

unix:LIBS += /usr/local/qwtplot3d/lib/libqwtplot3d.so
unix:LIBS += /usr/local/qwt/lib/libqwt.so
unix:LIBS += /usr/local/lib/liborigin.so
unix:LIBS += /usr/lib/libgsl.a
unix:LIBS += /usr/lib/libgslcblas.a


unix:system(sip -I /usr/share/sip/qt -t Qt_3_3_0 -t WS_X11 -c $${MOC_DIR} src/qti.sip)

qmake
make
make install

HINWEIS:
libqwtplot3d.a sind als libqwtplot3d.so.... zu finden!!!

ln -s /usr/local/qwtplot3d/lib/libqwtplot3d.so.0.2.6 /usr/lib/libqwtplot3d.so.0
ln -s /usr/local/qwt/lib/libqwt.so.5 /usr/lib/libqwt.so.5
ln -s /usr/local/lib/liborigin.so.0 /usr/lib/liborigin.so


viel Erfolg
hap

 

[Rain_Maker]

AW: Eine OSS-Alternative zu Origin: qtiplot

@hap

Danke für die Tipps, nach einiger Anpassung hatte ich es dann auch geschafft, daß sich qtiplot 0.8.9 kompilieren ließ und mir ein nettes, kleines Binary 'qtiplot' angelegt wurde.

Dieses verabschiedete sich dann mit der ausgesprochen aussagekräftigen Fehlermeldung "Speicherzugriffsfehler" und sonst nichts.

Eigentlich wollte ich mir das Ganze dieses Wochenende mal genauer ansehen (openSUSE 10.2 bzw. SuSE 10.0), aber das ist seit gestern nicht mehr nötig.

PackMan :: Informationen zum Paket qtiplot

Zumindest für SuSE 10.0-10.2/i586 gibt es mittlerweile die Version 0.8.9 als Packman-RPM.

An dieser Stelle mal einen Dank an Quentin Denis, den "Packmann", der sich seit über 1.5 Jahren um dieses Paket kümmert, obwohl es sicherlich nicht unbedingt eine Mainstreamanwendung ist.

Greetz,

RM