bkchem ein 2D Zeichenprogramm für Molekülstrukturen

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Rain_Maker

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1. Was ist bkchem?

In diesem Thread möchte ich bkchem vorstellen, ein sehr schlankes, aber leistungsfähiges Programm zum Zeichen von Molekülstrukturen. bkchem ist in python geschrieben und läuft auf GNU/Linux und Windows. bkchem steht unter der GPL ist also freie Software.

http://bkchem.zirael.org/index.html

Da python eine plattformunabhängige Sprache (wie z.B. auch Java) ist, sollte außerdem eine Portierung auf MAC oder andere Unix-Derivate möglich sein, jedoch gibt es diese noch nicht. Wer meint, bei dieser Portierung helfen zu können, der kann sich beim Entwickler Beda Kosata melden, ein sehr freundlicher und hilfsbereiter Mensch (dazu später vielleicht mehr), der sein Programm zur Zeit sehr aktiv verbessert und

2. Welche Grundvoraussetzungen muss das System für bkchem erfüllen?

bkchem ist komplett in python geschrieben, weshalb man einen python-Interpreter braucht.
Unter GNU/Linux muss man python installiert haben, das Paket für Windows liefert eine Windows-typische Setup.exe mit, die einen Interpreter enthält.

3. Wo bekomme ich bkchem?

bkchem ist wie oben schon erwähnt freie Software, d.h. sie kann nicht nur gratis heruntergeladen

http://bkchem.zirael.org/download_en.html

und installiert sondern auch nach den Regularien der GPL verändert, kopiert und weiter verbreitet werden. Da bkchem wie oben schon erwähnt in einer Skriptsprache geschrieben ist, hat man mit dem (python)-Quellcode auch automatisch schon das lauffähige Programm.

4 Installation

Auf Windows ist es die übliche setup.exe-Prozedur, dazu muss ich nicht viel sagen.

Unter GNU/Linux einfach das tar.bz2-File in ein Verzeichnis entpacken und mit

Code: 
python /pfad zu bkchem/bkchem.py
starten.

5. Welche Features beherrscht bkchem?

bkchem beherrscht die wichtigsten Funktionen zum Zeichnen von 2D-Strukturen und besitzt ein recht ansehnliches Arsenal an Templaten für Ringstrukturen und bietet außerdem die Möglichkeit, eigene Template zu erstellen, was allerdings nicht ganz einfach ist.
Die Zeichnungen können im svg-Format oder in cdml (einer modifizierten Variante von CML = Chemical Markup Language) gespeichert werden. Beide Dateiformate sind xml-basiert. Diese xml-Bindung führt auch zum meiner Meinung nach herausragenden Feature von bkchem.

6. Exportformate, die bkchem beherrscht.

bkchem bietet eine Vielzahl von Exportmöglichkeiten, die einem eine einfaches Einbinden in verschiedene Dokumente ermöglichen (svg, cml, png, pdf und ps).

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Für den Export über die Cairo-Bibliothek muss das Paket "pycairo" bzw. libpycairo installiert sein, welches z.B. bei Debian-basierten Systemen wie Ubuntu über apt-get nachinstalliert werden kann. Für SuSE gibt es dieses Paket leider nicht, aber ich habe mir die entsprechenden Pakete selbst gebaut und als rpm verpackt (Quelle war ein Mandrake-src.rpm).

Bei Bedarf an dieser Library, bitte PM an mich.

Ein besonderes "Schmankerl ist außerdem der direkte Export in das OOo1-Draw-Format sxd, das einem eine reibungslose Integration in OOo-Dokumente ermöglicht.


To be continued.....

Greetz,

RM
 
cm

cm

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AW: bkchem ein 2D Zeichenprogramm für Molekülstrukturen

Rain_Maker schrieb:
1. Was ist bkchem?

In diesem Thread möchte ich bkchem vorstellen, ein sehr schlankes, aber leistungsfähiges Programm zum Zeichen von Molekülstrukturen. bkchem ist in python geschrieben und läuft auf GNU/Linux und Windows. bkchem steht unter der GPL ist also freie Software.

http://bkchem.zirael.org/index.html

Da python eine plattformunabhängige Sprache (wie z.B. auch Java) ist, sollte ausserdem eine Portierung auf MAC oder andere Unux-Derivate möglich sein, jedoch gibt es diese noch nicht. Wer meint, bei dieser Portierung helfen zu können, der kann sich beim Entwickler Beda Kosata melden, ein sehr freundlicher und hilfsbereiter Mensch (dazu später vielleicht mehr), der sein Programm zur Zeit sehr aktiv verbessert und

2. Welche Grundvoraussetzungen muß das System für bkchem erfüllen?

bkchem ist komplett in python geschrieben, weshalb man einen python-Interpreter braucht.
Unter GNU/Linux muß man python installiert haben, das Paket für Windows liefert eine Windows-typische Setup.exe mit, die einen Interpreter enthält.

3. Wo bekomme ich bkchem?

bkchem ist wie oben schon erwähnt freie Software, d.h. sie kann nicht nur gratis heruntergeladen

http://bkchem.zirael.org/download_en.html

und installiert sondern auch nach den Regularien der GPL verändert, kopiert und weiter verbreitet werden. Da bkchem wie oben schon erwähnt in einer Skriptsprache geschrieben ist, hat man mit dem (python)-Quellcode auch automatisch schon das lauffähige Programm.

4 Installation

Auf Windows ist es die übliche setup.exe-Prozedur, dazu muß ich nicht viel sagen.

Unter GNU/Linux einfach das tar.bz2-File in ein Verzeichnis entpacken und mit

Code: 
python /pfad zu bkchem/bkchem.py
starten.

To be continued....

Greetz,

RM
Zum Vergrößern anklicken....
Das ganze hört sich recht interessant an, hast du evt. noch ein paar Screenshots parat ?
 
Rain_Maker

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Python-cairo Libraries für Bildexport unter SuSE 10.0

Hallo,

Wer den Dateiexport über die cairo-Graphikbibliothek mit bkchem nutzen möchte, der sollte sich das Paket "python-cairo" installieren, welches python-Scripten die Nutzung der cairo-Bibliothek ermöglicht. Leider sind bei SuSE 10.0 diese sogenannten "bindings" nicht dabei, so daß ich sie aus dem src.rpm von SuSE 10.1 für die 10.0 neu kompiliert habe.

Eine Installation von cairo ist logischerweise Grundvoraussetzung (über APT/YAST nachinstallierbar).

Die angehängte Datei in python-cairo.zip umbenennen, das zip-File entpacken und die rpm(s) normal installieren.

Das pdf als Endung musste ich aufgrund der Größe wählen, da angehängte zip-Archive hier nur maximal 100 KB groß sein dürfen.

Wer das entsprechende src.rpm zum Selbstbauen der Pakete möchte, der schicke mir bitte eine PM.

Nach Installation der Pakete kann man in bkchem unter "Datei" --> "Export" das Exportieren der Zeichnung als pdf und png über cairo anwählen.

Greetz,

RM
 
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bkchem 0.12.0 pre1 auf openSUSE 10.2 (python 2.5-19.2)

Heute installierte ich die neue Version 0.12.0_pre1 von bkchem auf meiner openSUSE 10.2 (installierte python-Version 2.5-19.2) und startete das Programm aus dem Ordner '~/bkchem/bkchem/' mit
Code: 
python bkchem.py
was mit folgender Fehlermeldung endete.

Code: 
File "oasa/oasa/coords_generator.py", line 22
    from __future__ import division
SyntaxError: from __future__ imports must occur at the beginning of the file
Nun habe ich zwar keine große Ahnung von python (eigentlich ist das geprahlt, sagen wir lieber gar keine *g*), aber die Fehlermeldung klang für mich eindeutig.

Also öffnete ich die Datei File 'coords_generator.py' mit einem Texteditor und so sahen die ersten Codezeilen aus:

Code: 
from math import pi, sqrt, sin, cos
from __future__ import division
import geometry
import misc
from sets import Set
import warnings
OK, die angemeckerte Zeile ist nicht die erste, sondern die zweite in dieser Abfolge. Die beiden Zeilen vertauscht und die Datei abgespeichert. Ergebnis beim Start mit 'python bkchem.py' war:
Code: 
~ File "oasa/oasa/coords_optimizer.py", line 22
~    from __future__ import division
SyntaxError: from __future__ imports must occur at the beginning of the file
Also das selbe Spielchen mit dem File 'coords_optimizer.py' wiederholt und siehe da, bkchem startete ohne Fehlermeldung.

Die Mail an den Entwickler ist übrigens schon raus, aber wer dieses Problem jetzt hat, der kann sich mit diesen kleinen Änderungen Abhilfe verschaffen, bis ein Patch veröffentlicht wird.

Greetz,

RM
 
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RPM-Pakete für openSUSE 10.2/10.3

Mittlerweile ist die Version 0.12.0 von BKchem schon eine Weile veröffentlicht und sehr stabil.

Deshalb habe ich mich einmal hingesetzt und RPM-Pakete gebastelt.

openSUSE 10.2 32 Bit

bkchem-0.12.0-rm.1.i586.rpm

openSUSE 10.3 32 Bit

bkchem-0.12.0-rm.1.i586.rpm

Damit bkchem ordentlich funktioniert müssen die Pakete python, tcl, tk und python-tk installiert sein (das RPM beschwert sich aber auch, falls da etwas fehlt).

Für die Nutzung der wichtigsten Exportfunktionen sollte ausserdem cairo sowie python-cairo auf dem System sein.

Source-RPM für Selbstbauer

bkchem-0.12.0-rm.1.src.rpm

Zum Bau des Paketes müssen update-desktop-files und python-devel installiert sein.

Greetz,

RM
 
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Update "oasa-0.12.1"

Seit kurzem bietet der Author von bkchem die zentrale Bibliothek "oasa" (= only another stupid acronym *g*) von bkchem auch gesondert zum Download an.

OASA

Die neue oasa-Version 0.12.1 enthält viele Bugfixes und Verbesserungen, welche jedoch noch nicht im aktuellen bkchem-Release enthalten sind.

Deshalb wurde in den hier vorgestellten, neuen bkchem-Paketen die neue Version von oasa integriert.

openSUSE 10.2 32 Bit

bkchem-0.12.1-rm.1.i586.rpm

openSUSE 10.3 32 Bit

bkchem-0.12.1-rm.1.i586.rpm

Damit bkchem ordentlich funktioniert müssen die Pakete python, tcl, tk und python-tk installiert sein (das RPM beschwert sich aber auch, falls da etwas fehlt).

Für die Nutzung der wichtigsten Exportfunktionen sollte ausserdem cairo sowie python-cairo auf dem System sein.

Source-RPM für Selbstbauer

bkchem-0.12.1-rm.1.src.rpm

Zum Bau des Paketes müssen update-desktop-files und python-devel installiert sein.

Auch für Archlinux bieten wir mittlerweile einen dementsprechenden AUR-Build an.

bkchem-0.12.1-2.src.tar.gz

Greetz,

RM
 
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Version 0.12.5

Die Pakete wurden auf Version 0.12.5 upgedatet, die Downloadlinks sind die selben wie im letzten Beitrag zu 0.12.3.

Greetz,

RM
 
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